Ο Παύλος Μπακογιάννης δολοφονήθηκε στις 26 Σεπτεμβρίου 1989, την ημέρα που η Βουλή επρόκειτο να αποφασίσει αν θα παρέπεμπε τον Ανδρέα Παπανδρέου στο Ειδικό Δικαστήριο για το σκάνδαλο Κοσκωτά, στο πλαίσιο της λεγόμενης «Κάθαρσης» ή «Βρώμικου 89» κατ’ άλλους.
Στις 7:58 το πρωί, πυροβολήθηκε από μία ομάδα τριών ενόπλων στην είσοδο του γραφείου του στην οδό Ομήρου στο Κολωνάκι. Διακομίστηκε βαρύτατα τραυματισμένος στο νοσοκομείο «Ευαγγελισμός», όπου εξέπνευσε μία ώρα αργότερα.
Την ευθύνη για τη δολοφονία του Παύλου Μπακογιάννη ανέλαβε με 12σέλιδη προκήρυξή της, που εστάλη στην εφημερίδα «Ελευθεροτυπία», στις 9 Οκτωβρίου 1989, η τρομοκρατική οργάνωση «17 Νοέμβρη».
Στην προκήρυξή της με τίτλο «Άρχισε η κάθαρση» αναφερόταν μεταξύ άλλων: «Αποφασίσαμε λοιπόν να εκτελέσουμε τον απατεώνα και ληστή του λαού Μπακογιάννη. Ο κύριος αυτός είναι υπεύθυνος όχι μόνο γιατί έκλεψε τα πρώτα 60 εκατομμύρια του ιδρυτικού κεφαλαίου της Γραμμής, αλλά και για τις εκατοντάδες εκατομμύρια που είτε έκλεψε μαζί με τον συνεργάτη του Κοσκωτά για την αύξηση του μετοχικού κεφαλαίου της Γραμμής, αλλά και για την αγορά μέσω της Γραμμής της Τράπεζας Κρήτης».
Για τη δολοφονία του Παύλου Μπακογιάννη καταδικάστηκαν στις 17 Δεκεμβρίου 2003, από το Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων Αθηνών, σε ισόβια κάθειρξη ο Δημήτρης Κουφοντίνας, ο Ηρακλής Κωστάρης και ο Αλέξανδρος Γιωτόπουλος και σε 15 χρόνια κάθειρξη ο Σάββας Ξηρός και ο Βασίλης Τζωρτζάτος.
Ο Παύλος Μπακογιάννης αποτελούσε μία απ’ τις πιο γνωστές φωνές του αντι-δικτατορικού αγώνα και παρά το γεγονός ότι ήταν «δεξιός» είχε προσπαθήσει για την εθνική συμφιλίωση και την επούλωση των πληγών του Εμφυλίου και του Διχασμού. Θεωρούνταν με άλλα λόγια ένας άνθρωπος με σύνεση, χαμηλών τόνων, δημοκράτης και ενωτικός.
Ήταν διευθυντής του ελληνικού προγράμματος της Βαυαρικής Ραδιοφωνίας, όταν έγινε το πραξικόπημα της 21ης Απριλίου 1967. Από τη θέση αυτή αντιτάχθηκε στο δικτατορικό καθεστώς και έκανε εκπομπές με σχόλια και ειδήσεις που αναμεταδίδονταν και από την «DW» και πολύ γρήγορα έγιναν σημείο αναφοράς του αντιδικτατορικού αγώνα.
Στο Μόναχο γνώρισε τη Ντόρα Μητσοτάκη, κόρη του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη, η οποία σπούδαζε στο Πανεπιστήμιο της ίδιας πόλης και την οποία και παντρεύτηκε το 1974. Μαζί της απέκτησε δύο παιδιά, την Αλεξία και τον Κώστα.
